律师您好！
在处理企业财务与上级部门在财务上报上的矛盾时，可以采取以下步骤来协调双方，确保顺利上报财务收支利润表：
同时，了解上级部门对财务报表的具体要求和目的。
沟通与解释：
如果企业财务部门担心税务问题，可以提供相关的税收优惠政策或解释如何通过合法途径避免税务风险。
制定合理的上报流程：
可以考虑分阶段上报，先上报简化版的报表，待双方信任建立后再逐步完善。
提供培训和支持：
如果企业财务部门对上级部门的要求不熟悉，可以提供必要的培训和支持，帮助他们理解上报流程和报表内容。
寻求第三方协助：
如果内部协调困难，可以考虑邀请第三方机构（如会计师事务所）参与，对财务报表进行审核，增加财务报表的公信力。
制定应急预案：
针对可能出现的风险，制定应急预案，如企业财务部门仍然拒绝配合，可以考虑寻求法律途径解决问题。
法律依据：
向企业财务部门明确指出，不上报财务报表可能违反《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，可能会面临的法律责任。
上级部门沟通：
如果内部协调无果，可以向上级部门反映情况，寻求上级部门的协调和支持，说明企业财务部门的具体困难和担忧。
建立长期合作机制：
通过上述步骤，可以逐步消除双方之间的矛盾，确保财务报表的顺利上报。如果问题依然无法解决，可能需要考虑采取法律手段来维护企业的合法权益。希望这些建议对您有所帮助。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。