根据中国法律的相关规定，以下是关于您所提出问题的法律分析和建议：
财产保全措施：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零三条的规定，财产保全是指人民法院在诉讼过程中，为保证诉讼的正常进行和判决的执行，对当事人的财产采取限制措施的一种强制措施。
房屋查封：如果原告申请财产保全，且法院认为有必要，可以对涉案房屋进行查封。查封的目的在于防止被告在诉讼期间转移、隐匿、损毁或变卖财产，确保将来判决的执行。
被告使用：即使房屋被查封，一般情况下，查封并不会禁止被告对房屋进行必要的居住使用。但被告不得擅自处分查封的财产，包括出售、出租、抵押等。
诉讼期间：在诉讼期间，查封措施通常持续到诉讼终结。具体查封时间取决于案件的审理进度和法院的决定。
申请财产保全：如果原告认为有必要，可以向法院申请财产保全，请求查封涉案房屋。
提交证据：在申请财产保全时，原告应提供充分的证据证明被告确实占用了房屋，以及原告有权要求清退并支付占用金。
遵守法院判决：无论法院是否决定查封房屋，原告都应遵守法院的判决，不得擅自处置查封的财产。
沟通协商：在诉讼期间，原告可以尝试与被告进行沟通协商，争取达成和解，以避免长时间诉讼带来的损失。
法律咨询：鉴于具体情况可能复杂，建议原告在申请财产保全前咨询专业律师，以获得更详细的法律意见和帮助。
总之，在您所述情况下，如果原告申请财产保全，涉案房屋可能会被查封，但被告在一般情况下仍可使用房屋。具体操作需遵循法院的判决和相关规定。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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