根据您提供的情况，以下是对您问题的法律分析及建议：
合同约定：首先，需要查看合同中是否有关于错误发放款项的解决机制。如果合同中有明确的约定，比如“因操作失误导致款项多发的，可以在下一期款项中扣除”，那么按照合同约定执行是合理的。
法律规定：在没有明确合同约定的情况下，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。如果一方在履行合同过程中出现了错误，原则上应当自行承担相应的后果。
公平原则：即使合同中没有明确约定，但根据公平原则，双方在协商一致的情况下，也可以在下一期款项中扣除之前发错多发的款项。
合同审查：首先，仔细审查合同条款，特别是关于错误发放款项的处理方式。
沟通协商：如果合同中没有明确约定，建议与对方进行沟通协商，争取达成一致意见。可以提出按照公平原则处理，即在新款项中扣除之前发错多发的款项。
书面协议：无论是否达成一致，都建议以书面形式明确双方的权利义务，避免后续产生纠纷。
法律途径：如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决，比如向法院提起诉讼。
是否可以在新款项中扣除之前发错多发的款项，取决于合同约定和双方协商的结果。建议您先审查合同条款，然后与对方进行沟通协商，并尽可能以书面形式明确双方的权利义务。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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