发生交通事故后，双方就补偿及营养费达成协议，需要准备以下材料：
交通事故认定书：这是证明交通事故发生的基本证据，由交警部门出具。
事故现场照片：包括事故现场、车辆受损情况、人员受伤情况等照片。
医疗诊断证明：包括医院出具的诊断证明书、病历、医疗费用清单等，用以证明受伤人员的伤情及治疗情况。
医疗费用票据：包括住院费、手术费、药品费、治疗费等票据。
误工证明：由工作单位或医疗机构出具，证明受伤人员因伤无法工作的时间及可能造成的经济损失。
伤残鉴定报告：如果受伤人员有伤残，需要提供伤残鉴定报告。
赔偿协议书：双方就赔偿事宜达成一致后，应签订书面协议，明确赔偿金额、支付方式、时间等。
身份证明：包括双方的身份证明材料，如身份证、户口本等。
车辆行驶证和驾驶证：如果涉及车辆损失，需要提供车辆行驶证和驾驶证。
其他相关证据：如证人证言、视频监控录像等，用以佐证事故经过和双方责任。
具体操作步骤如下：
收集证据：在事故发生后，及时收集上述材料。
协商赔偿：双方就赔偿事宜进行协商，达成一致意见。
签订协议：将协商结果形成书面协议，双方签字盖章。
履行协议：按照协议约定，及时支付赔偿款项。
保留证据：在协议履行过程中，保留好相关证据，如银行转账记录、收据等。
需要注意的是，以上材料仅供参考，具体还需根据实际情况和法律规定进行调整。如有疑问，建议咨询专业律师。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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