在劳动变更协议中，关于甲方盖章的问题，通常涉及到协议的法律效力和公司主体的变更。
在公司主体变更的情况下，原公司的权利义务一般会由变更后的新公司承继。
法律要点解释：
在这种情况下，通常需要新主体盖章，因为原公司主体可能已经不存在或者其权利义务已经由新公司承继。
解决方案和建议：
综上所述，根据法律条文和实际情况，劳动变更协议中约定除公司主体更换其他权益不变的甲方盖章应当是新主体。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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