根据您描述的情况，学校协议是否需要支付违约金，主要取决于以下几个因素：
协议的性质：首先需要明确协议的性质。如果协议属于劳动合同或具有劳动合同的性质，那么未盖章可能会影响协议的效力。
法律规定：根据《中华人民共和国合同法》第32条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。但是，如果法律法规或当事人之间有特别规定，未盖章可能不影响协议的效力。
协议的具体内容：协议中是否明确约定了未盖章的法律后果，如违约责任等。
以下是对您情况的详细分析：
未盖章的效力：通常情况下，如果协议是双方真实意思表示，签字即具有法律效力。但若协议需要特定形式（如盖章）才能生效，则未盖章可能导致协议无效。
违约责任：如果协议中明确约定了未盖章的违约责任，那么即使未盖章，也可能需要承担违约金。
实际情况：您所描述的情况是只签字未盖章，如果学校在协议中未明确约定违约责任，那么从理论上讲，可能不需要支付违约金。但若学校主张协议有效，并要求支付违约金，您可能需要提供证据证明协议未生效。
解决方案和建议：
核实协议性质：首先确认协议的性质，了解是否存在需要盖章的特殊规定。
查阅协议内容：仔细阅读协议内容，特别是关于违约责任和生效条件的条款。
沟通协商：与学校进行沟通，说明情况，争取协商解决。
寻求法律帮助：如果学校坚持要求支付违约金，建议您咨询专业律师，评估协议的效力，并根据具体情况制定应对策略。
注意证据保留：在处理此类问题时，注意保留相关证据，如协议文本、沟通记录等，以备不时之需。
总之，是否需要支付违约金取决于协议的具体内容和法律规定。建议您在了解具体情况后，寻求专业律师的帮助，以确保您的合法权益得到保障。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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