根据您描述的情况，两个成年男性入住时，其中一人使用身份证登记上网，而另一人声称未携带身份证。在查房时被罚款五千元，关于这一处罚是否合理，需要从以下几个方面进行分析：
法律规定：首先，需要查看相关的法律法规。在中国，旅馆业管理条例规定，旅馆经营者应当对住宿客人进行实名登记，并保存旅客登记信息。如果其中一人声称未携带身份证，但旅馆经营者仍允许其入住并进行了登记，这可能违反了上述规定。
处罚依据：如果旅馆业管理条例确实规定了此类情况下的处罚措施，并且罚款五千元是该条例或相关规章规定的处罚上限，那么从法律层面来说，罚款可能是有依据的。
合理性分析：
责任归属：是否只有未携带身份证的入住者需要承担责任，还是旅馆经营者也需要承担一定责任。如果旅馆经营者未能严格执行实名登记制度，也可能需要承担相应责任。
实际操作：在实际情况中，旅馆经营者可能因未能有效执行实名登记制度而受到处罚。如果罚款金额确实过高，入住者可以向相关部门提出申诉，要求重新评估处罚的合理性。
解决方案和建议：
总之，是否合理需要根据具体法律法规和实际情况来判断。建议您在了解相关法律规定后，采取适当的措施维护自己的合法权益。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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