在这种情况下，甲方可以通过以下步骤来保护自身的合法权益：
首先，甲方应仔细审查与乙方签订的合同条款，特别是关于付款、违约责任、争议解决等方面的规定。确认合同中是否有明确约定资金到账后的使用方式、还款期限以及违约责任。
保留证据：
甲方应保留所有与合同履行相关的证据，包括但不限于合同文本、付款凭证、双方沟通记录等，以证明资金已经按照合同约定支付给乙方。
法律途径：
a. 发送律师函：首先，甲方可以发送律师函给乙方和丙，要求其立即归还扣留的资金，并明确告知违约的法律后果。
b. 提起诉讼：如果发送律师函后，乙方和丙仍未归还资金，甲方可以向人民法院提起诉讼，要求乙方和丙承担违约责任，并请求法院判决其归还资金。
由于丙是乙方的法定代表人，其行为可能代表乙方的行为。因此，甲方在诉讼中可以要求丙承担个人责任，特别是如果丙的行为构成个人欺诈或滥用职权。
财产保全：
在诉讼过程中，如果担心乙方和丙可能转移或隐匿财产，甲方可以申请法院采取财产保全措施，如查封、冻结乙方的财产，以保障诉讼请求的实现。
合同解除：
如果乙方和丙的行为严重违反合同约定，甲方还可以考虑解除合同，并要求乙方承担违约责任。
咨询专业律师：
以下是一些建议：
请注意，以上建议仅供参考，具体操作还需根据实际情况和法律规定进行调整。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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