根据您提供的情况，个人与民营门诊签订的合作化验室合同中，如果合同中明确约定了违约责任，那么在个人撤出合作时，是否需要支付违约金将取决于以下几个因素：
合同条款：首先需要查看合同的具体条款，特别是关于违约责任和违约金的条款。如果合同中明确规定了违约情形及相应的违约金数额，那么在个人撤出合作时，可能需要按照合同约定支付违约金。
违约原因：根据您的情况，是因为化验室不具备承包资质，这可能是导致您撤出合作的原因。如果这种情况是民营门诊单方面的责任，而非您的责任，那么您可能不需要支付违约金。
法律法规：根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，如果合同解除是由于一方违约造成的，违约方应当承担违约责任。
以下是一些可能的法律分析：
如果合同中没有明确规定违约金条款，或者虽然规定了违约金，但您撤出合作的原因是民营门诊违约（如化验室不具备承包资质），那么您可能不需要支付违约金。
如果合同中有明确的违约金条款，并且您撤出合作的原因并非民营门诊违约，那么您可能需要支付违约金。
解决方案和建议：
审查合同：仔细审查合同中的所有条款，特别是关于违约责任和违约金的部分。
沟通协商：与民营门诊进行沟通，说明化验室不具备承包资质的情况，并尝试协商解决是否需要支付违约金的问题。
法律咨询：如果双方无法达成一致，建议咨询专业律师，根据具体情况评估是否需要支付违约金，以及如何维护自己的合法权益。
诉讼途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议，例如向法院提起诉讼。
总之，是否需要支付违约金取决于合同的具体条款以及违约的原因，建议您在专业律师的指导下处理此事。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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