在您所描述的店铺运营管理收益分配问题上，我们可以从以下几个方面进行分析：
合同约定：首先，需要查看您与运营管理人员签订的合同内容。合同中应明确约定工资、提成比例、额外收益分配等条款。
工资支付：根据合同约定，运营管理人员每天收益的25%作为工资支付，这部分属于其应得报酬。
额外收益：对于合同约定以外的额外收益，如果未在合同中明确约定归谁所有，则可能存在争议。
侵占行为：如果运营管理人员在25%工资以外私自占有额外收益，这可能构成侵占行为。
查阅合同：首先，查阅与运营管理人员签订的合同，确认合同中对于额外收益的分配是否有明确规定。
沟通协商：与运营管理人员进行沟通，了解其占有额外收益的原因，尝试通过协商解决问题。
法律途径：
仲裁或诉讼：如果侵占行为持续，可以考虑通过仲裁或诉讼途径解决。在诉讼中，您需要提供证据证明其侵占额外收益的事实。
修改合同：为了避免未来类似问题的发生，建议在合同中明确约定额外收益的分配方式，并规定违反约定的法律责任。
加强管理：加强对店铺运营管理的监督，确保运营管理人员按照合同约定执行。
在处理此类问题时，建议您首先查阅合同，了解相关条款。然后，通过沟通协商解决问题，必要时可采取法律途径。同时，建议修改合同，明确约定额外收益的分配方式，以避免未来类似问题的发生。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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