根据您提供的情况，这里涉及到的是合同法、票据法以及相关的债权债务关系。以下是对您问题的法律分析及建议：
合同关系：首先，甲企业与您单位之间存在供货合同关系，甲企业有义务按照合同约定支付货款。
发票开具：甲企业要求将发票开具给乙企业，这可能涉及以下几种情况：
债务转移：如果甲企业将债务转移给乙企业，那么乙企业成为新的债务人。
付款超过发票金额：乙企业已经付款超过了发票金额，这部分超出的款项属于不当得利。
确认关系：首先需要确认甲乙企业之间的关系，是代理关系还是债务转移。如果乙企业是作为甲企业的代理人付款，那么甲企业仍然是债务人。
协商解决：
与乙企业协商，看是否可以要求乙企业退还超出部分的款项。
法律途径：
如果乙企业是代为清偿，那么也可以要求乙企业退还超出部分的款项。
证据收集：
在处理此类问题时，建议您咨询专业律师，以获取更详细的法律意见和具体操作建议。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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