在处理工业用地申请转换并应对居民反对的问题时，需要从以下几个方面进行分析：
如果原土地为水田转为工业用地，现因环保不达标需要再次转换，需符合国家相关环保法规及产业政策。
居民反对的法律处理：
根据《中华人民共和国城乡规划法》等法律，城乡规划应当充分考虑居民意见，但规划调整需要依据法定程序进行。
合法性问题：
准备详细的转换方案，包括环保措施、对周边居民的影响评估等。
程序合法：
通过公开听证会等形式，充分听取居民意见，并对居民关心的问题给予回应。
居民意见的处理：
可以考虑以下措施：
法律咨询：
老板是否合法，取决于其申请是否符合法律法规，以及是否妥善处理了居民意见。在处理此类问题时，建议采取合法合规的程序，充分尊重居民意见，并通过合理的措施缓解居民担忧。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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