根据中国现行的《劳动法》和《工资支付暂行规定》，法定节假日的加班工资确实应当按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付。这里的“日或小时工资标准”通常是指劳动者在正常工作日的工资标准。
具体来说，如果企业按照最低工资标准的三倍支付法定节假日的加班工资，这种做法是否合法，需要考虑以下几个因素：
最低工资标准：最低工资标准是指劳动者在法定工作时间内的最低工资数额，它并不包括加班工资。因此，如果企业仅按照最低工资标准的三倍支付加班工资，而忽略了劳动者实际工资水平，那么这种做法可能是不合法的。
实际工资水平：如果员工的实际工资水平高于最低工资标准，那么加班工资应当以实际工资水平为基础计算，而不是最低工资标准。这意味着，如果员工在法定节假日的加班工资低于其正常工作日的工资水平，那么这种支付方式可能是不合法的。
加班工资的计算：加班工资的计算应当基于员工的正常工资水平，而不是最低工资标准。如果员工的正常工资水平高于最低工资标准，那么加班工资也应当相应提高。
解决方案和合理建议：
核实工资水平：首先，企业应当核实员工的实际工资水平，确保加班工资的计算是基于员工的实际工资，而不是最低工资标准。
调整支付方式：如果员工的实际工资水平高于最低工资标准，企业应当调整加班工资的支付方式，确保加班工资不低于员工正常工作日的工资水平。
沟通协商：企业可以与员工进行沟通，解释加班工资的计算方式，并尝试达成双方都能接受的解决方案。
法律咨询：如果存在争议，建议企业咨询专业律师，以确保其支付加班工资的做法符合法律规定。
总之，企业应当按照员工的实际工资水平支付法定节假日的加班工资，而不是简单地按照最低工资标准的三倍支付。如果员工对支付方式有异议，企业应当认真对待，并采取适当的措施解决问题。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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