在这种情况下，确认员工与哪家公司存在劳动关系需要从以下几个方面进行分析：
如果员工的工作内容、职责和岗位是在公司A的指导下进行，且公司A为员工提供了工作场所、设备、培训等，这表明员工的工作与公司A的业务紧密相关。
工资发放方：
虽然工资是由公司B发放，但这并不一定意味着员工与公司B存在劳动关系。工资发放可能仅仅是财务上的安排，而不代表劳动关系的归属。
劳动合同与工作协议：
查看员工与公司A和B之间是否有劳动合同或类似的工作协议。劳动合同是最直接的证据，显示员工与哪家公司存在劳动关系。
社会保险缴纳：
检查社会保险的缴纳记录。通常，社会保险由用人单位缴纳，记录上会显示员工的社会保险是由哪家公司缴纳。
工作地点与工作环境：
如果员工在公司A的办公地点工作，使用公司A的设备，穿着公司A的工作服，这些都有可能表明员工与公司A存在劳动关系。
工作表现与评价：
基于以上分析，以下是一些解决方案和建议：
收集证据：收集与工作内容、工资发放、劳动合同、社会保险缴纳、工作地点和工作环境等相关的证据。
咨询法律意见：咨询专业律师，根据收集到的证据和具体情况，判断员工与哪家公司存在劳动关系。
沟通协商：与公司A和B进行沟通，了解是否存在合作关系或分包关系，以及员工的工作安排。
提起劳动仲裁或诉讼：如果无法通过协商解决问题，员工可以向劳动仲裁委员会提起仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求确认劳动关系。
注意时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。员工应在时效内提起仲裁或诉讼。
总之，确认劳动关系需要综合考虑多方面因素，通过收集证据和咨询专业意见来得出结论。
提醒：未面谈及查看证据材料，律师回答仅供参考。
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